王邦

王邦

博士/高级

王邦的个人工作室

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我的科研工作主要集中在功能基因组学和分子遗传学领域,目前发表3篇一作论文,其中两篇为专业一区期刊。 我擅长分析高通量转录组数据、基因表达与调控分析、代谢通路分析,同时也熟悉DNA/RNA相关实验操作,在衔接上游生物信息学数据和下游分子遗传学实验方面有着丰富的经验。目前在基因组重测序和靶向深度测序分析方面也有所涉猎,熟悉SNP、InDel突变挖掘和数据展示。

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教育经历

2016.08毕业 中国科学院大学 / 博士 专业:功能基因组学

发表文章

BMC MICROBIOLOGY

论文名称:The transcriptome landscape of Prochlorococcus MED4 and the factors for stabilizing the core genome

贡献描述:• 培养原绿球藻Prochlorococcus MED4 • 分析RNA-Seq数据,获得了原绿球藻MED4的转录组图谱,包括非翻译区(UTR)、操纵子(Operon)及非编码RNA(Non-coding RNA) • 首次提出了稳定原绿球藻核心基因组的因子,不仅有基因必要性(gene necessity),还有基因表达水平(gene expression level)和转录本的半衰期(mRNA half-life) • 撰写了文章,以第一作者身份发表在同行评议的SCI期刊BMC Microbiology

Biotechnology for Biofuels

论文名称:A transcriptomic analysis of Neurospora crassa using five major crop residues and the novel role of the sporulation regulator rca-1 in lignocellulase production

贡献描述:• 测定了物种农作物秸秆的化学成份,包括大麦、小麦、水稻、玉米及大豆秸秆 • 分析RNA-Seq数据,内容包括基因表达、基因表达差异、聚类、维恩分析、功能富集 • 基于组学数据分析,筛选了一些候选的转录因子,发现了转录因子rca-1会抑制木质纤维素酶的表达,敲除之能显著提高产酶水平 • 撰写了文章,以第一作者身份发表在一区同行评议的SCI期刊Biotechnology for Biofuels

Biotechnology for Biofuels

论文名称:Identification and Characterization of the Glucose Dual-Affinity Transport System in Neurospora crassa: Pleiotropic Roles in Nutrient Transport, Signaling, and Carbon Catabolite Repression

贡献描述:准备了不同浓度葡萄糖(0-10%)处理下的转录样本,并进行转录组学数据的系统挖掘;发现并鉴定了粗糙脉孢菌葡萄糖双转运系统的基因元件,并用生理和生化实验进行验证;构建了一系列基于RNA-Seq数据发掘的候选基因的多突变体;通过系列突变体比较转录组分析,发现了葡萄糖双转运系统发挥着复杂的多效应调控作用,其与碳代谢物阻遏(CCR)、cAMP-PKA信号途径、糖酵解、纤维素酶表达,以及产孢过程紧密相关;撰写了文章,以第一作者身份发表在SCI工程类一区期刊Biotechnology for Biofuels

Journal of Biological Chemistry,

论文名称:The putative cellodextrin transporter-like protein CLP1 is involved in cellulase induction in Neurospora crassa

贡献描述:运用比较转录组学分析不同突变体之间的基因表达变化。

项目经验

2014.01——2015.01 丝状真菌利用广谱农作物秸秆的转录组分析

项目类型:

项目经验简介:设计实验,考察丝状真菌利用农作物秸秆的特征;根据生长特征确定合适的时间点,取样,提取并纯化总RNA,送华大测序;分析RNA-Seq数据,主要包括基因表达、基因表达差异分析、聚类、维恩分析、功能途径富集等;基于组学数据分析,筛选了一些候选的转录因子,实验发现了一个具有显著表型的新型转录因子;文章发表在SCI工程一区杂志Biotechnology for Biofuels

2011.09——2013.09 从转录组解析小基因组蓝细菌

项目类型:

项目经验简介:

2014.11——2016.01 真菌葡萄糖双转运系统的转录组分析与表征

项目类型:

项目经验简介:基于不同浓度葡萄糖(0-10%)处理下的转录组学数据,系统鉴定了粗糙脉孢菌葡萄糖双转运系统的基因元件,并用生理和生化实验进行验证;通过系列突变体比较转录组分析,发现了葡萄糖双转运系统发挥着复杂的多效应调控作用,其与碳代谢物阻遏、cAMP-PKA信号途径、糖酵解、纤维素酶表达及产孢过程紧密相关;文章已被SCI工程类一区期刊Biotechnology for Biofuels接收。

2016.11——2017.01 草莓低温胁迫项目

项目类型:

项目经验简介:通过表达谱差异分析,获得草莓全基因组水平响应低温胁迫的regulon,并结合KEGG代谢通路,将差异表达基因注释到具体代谢途径中,绘制高质量可发表的代谢通路图;同时查阅相关文献,结合表达谱,筛选到草莓中一个强响应低温胁迫的高可信度的转录因子,为项目后续是开展相关工作指明很有意义的方向。

王邦
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