基因帮和广东农科院合作的关于荔枝单性结实研究的文章发表,IF 4.259

基因帮和客户合作文章《Comprehensive transcriptomics and proteomics analyses of pollinated and parthenocarpic litchi(Litchi chinensis Sonn.) fruitsduring early development》,7月14日在线发表于Scientific Reports(2017最新 IF=4.259,属nature子刊),本文是目前荔枝相关研究中的影响因子较高的文章。

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本文是属于RNA-Seq加iTRAQ联合研究文章,通过比较天然单性结实的荔枝授粉和不授粉的差异,在子房的发育早期(1天,2天,4天,6天)的4个时期,发现脱落酸,生长素、乙烯、赤霉素、热休克蛋白等相关的大量基因和蛋白都与单性结实紧密相关。

文章一共测了8个RNA-Seq,8个iTRAQ。无生物学重复,无Qpcr验证。


作者单位:广东省农科院


研究思路:

1. 人工取样,分别取天然单性结实品种荔枝授粉和不授粉的发育子房(1,2,4,6d),提取RNA和蛋白组织;

2. 8个RNA和8个蛋白样本分别进行测序,标准分析;

3. 天然单性结实组所有差异基因和蛋白鉴定;人工授粉组所有差异基因和蛋白鉴定;共有、特有基因及蛋白鉴定

4. 转录组水平对单性结实特异差异基因进行手动检索,确定其功能;关联到蛋白水平,分调控模式进行讨论。


部分实验结果:


两个实验组,人工授粉组(polLF)和单性结实组(parLF)转录组结果概览:


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两个实验组不同发育阶段的差异基因数量、表达量和功能注释结果:


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两个实验组iTRAQ分析结果:


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文章亮点:

1. 实验设计合理,转录组取样时间点最好与蛋白保持一致水平,这样才能很好关联分析;

2. 转录水平与蛋白水平分别做WGCGA分析;同时对最相关的基因与蛋白做关联分析

3. 结合以前的报道,植物的生长素、乙烯等基因几乎都不受其它方式的调控。因此,关联分析的结果应集中在转录水平和蛋白表达趋势一致的基因,而研究发现这些关键物质,不管转录水平还是蛋白水平,变化趋势高度一致。这样也是根据假设来反向验证的一种方法,同时也吻合了前人的结论;

4. 首次发现热休克蛋白维持单性结实上表现出高表达,高翻译水平。