我们提供的服务

基因帮将秉持“让科学研究更轻松”的初衷,为病毒组研究业内人士带来更好的服务体验,提供更高性价比的病毒组相关科研服务,
成为专业病毒组研究服务商,用专业前沿技术+互联网的力量加速生物科研领域的发展。

人源样本病毒组分析

        人源样本病毒组的研究对象为人体来源的标本,常见的人体病毒主要分布在人肠道、口腔、皮肤、呼吸道、尿道、粪便和血液等等。通过过滤、离心、核酸酶消化等方法除去宿主及细菌核酸的污染,富集病毒基因组DNA或/和RNA,构建高质量的病毒组文库并进行高通量测序和生物信息分析。

动物样本病毒组分析

        动物样本病毒组的研究对象为动物来源的标本,针对不同类型的样本,采用优化的实验方案。通过过滤、离心、核酸酶消化等方法除去宿主及细菌核酸的污染,富集病毒基因组DNA或/和RNA,构建高质量的病毒组文库并进行高通量测序和生物信息分析。

环境病毒组样本分析

        环境病毒组的研究对象为环境来源的样品,主要包含土壤和水体,通过过滤杂质并对其中的病毒颗粒进行富集,构建高质量的病毒文库并进行高通量测序和生物信息分析。

服务流程

1、病毒组样本分离提取

        对不同类型的样品采用不同的实验方案进行病毒富集,并根据不同的研究目的,提取DNA/RNA或者总核酸,并提供核酸提取报告。

2、病毒组样本建库测序

        核酸提取合格的样品采用标准或者微量建库的方法构建200-500bp的小片段文库,并提供文库质检报告,文库质检合格的样品进行双端PE150测序。

3、病毒组数据分析

        与宏基因组类似,但有特异之处,包括标准化分析(数据质控、序列拼接、组成分析、功能分析、鉴定与预测、互作网络分析、多样性分析、差异分析等)和定制化分析。

我们的优势

拥有专业P2级病毒分离实验室,独家研发宿主DNA去除技术,自建总序列超百万条的病毒序列数据库,
提供从取样到分析“一站式”陪伴式服务(病毒组的分离、提取、扩增、建库、测序和分析)

专业P2级病毒分离实验室

        四川省“输血传播疾病”重点实验室,占地600余平方米,有符合二级生物安全实验室(BSL-2)要求的建筑区域,具备从事高致病性病原微生物实验活动的资格。

        实验室仪器设备价值1000余万元,包括全自动核酸均一化及微量体系上样系统,中高通量核酸纯化系统,全自动移液工作站,Beckman超速离心机,冷冻高速离心机、安捷伦2100,Qubit荧光计、荧光定量PCR仪,样本储存系统,高通量快速PCR多台,Thermofisher生物安全柜,胶体渗透压仪,自动压盖+预冷型实验室冻干机,光学冷冻干燥显微分析系统,纯水仪,平板离心机,全自动低温显微镜,倒置荧光显微镜,血型血清学离心机,紫外可见分光光度计,组特异引物分选仪,细胞洗涤离心机,酶标仪,分析天平,凝胶成像系统,超低温冰箱等等。

实验室建设符合:
1、疾病预防控制中心建设标准(建标127-2009)
2、实验室生物安全通用要求(GB19489-2008)
3、生物安全实验室建筑技术规范(GB50346-2011)
4、疾病预防控制中心建筑技术规范(GB50881-2013)

独家研发宿主及细菌核酸去除技术

        我司独家研发的宿主及细菌核酸去除技术,结合了多种去除方法,包括离心和滤膜过滤、多重DNA酶消化、细菌及宿主细胞裂解后降解非病毒DNA、可靠的病毒核酸纯化技术,保证高纯度的微量病毒核酸提取,将宿主和细菌核酸的影响降到最低。针对不同类型的样本,在实验细节上进行不同的优化,在尽可能去除宿主和细菌污染的基础上,保证病毒核酸的回收率。反复进行宿主DNA和细菌DNA去除处理后,最终数据中,人源DNA数据占比通常约0.02-8.06%,细菌来源DNA占比约12.6-40.9%。

从取样到分析“一站式”服务

        我司提供从取样到分析“一站式”服务,用户只需按照我司提供的取样指导完成样本采集工作,后续病毒组分离、提取、扩增、建库、测序和分析等工作都由我司完成。繁杂的样本处理和分析工作交给基因帮,合作伙伴可以全身心进行病毒组科学问题的探索,双方合作共同完成病毒组学项目的研究工作。

专有动物病毒组分析云平台

        动物病毒组分析云平台是我司与西南民族大学动物病毒组学实验室联合研发的的自动化鉴定分析平台,可实现测序原始数据的手动上传及自主分析。当用户完成分析参数配置后,可以进行病毒快速鉴定流程自动化运行并生成结题报告。平台具有以下特点:
1、整合了nr,nt,refgenome中已知细菌真菌病毒序列,较ncbi库序列增加了46%,总序列达77万条。
2、专业的生信分析流程,能准确鉴定已知病毒并预测新的病毒序列。
3、华为云kubernetes为基础的基因云服务容器搭建,6小时完成生信分析出报告。
4、简单易懂的用户页面,不懂生信也可进行病毒组数据鉴定分析。

独家整合病毒组分析数据库

        参考多篇顶级文献及结合我们自身的项目经验,建立了完善的人源和动物源病毒序列数据库,可以同对人、动物、环境中的病毒进行精准生信信息学分析鉴定。针对人源为主的病毒组学研究,除了部署Virus‐Host DB数据库中人体常见的1236种的感染病毒之外,同时整合了NCBI中nt、nr中所有的病毒核酸与蛋白序列,总数达到77万条。尤其值得注意的是,对于噬菌体序列,采用了国际最新最全噬菌体数据库GVD和GPD进行评估分析。

        对于动物病毒组学研究,主要基于Virus‐Host DB数据库中各物种携带的已知病毒,并整合nt,nr库进行次级分析。对于环境病毒组研究,则主要依赖nt,nr病毒库。