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脑子里长瘤的早期症状是什么
脑子里长瘤的前期反应是什么?脑瘤即是颅内肿瘤,包括原发性脑瘤和由其他部位转移至颅内的肿瘤。不少人对脑瘤认识足够的认识,很多脑瘤患者不适就诊时往往已是晚期,治疗效果不佳。如果能够了解脑瘤的早期症状,有助及时发现脑瘤征兆,及早进行检查治疗。下面北京同心医院中医脑肿...

脑子里长瘤的前期反应是什么?脑瘤即是颅内肿瘤,包括原发性脑瘤和由其他部位转移至颅内的肿瘤。不少人对脑瘤认识足够的认识,很多脑瘤患者不适就诊时往往已是晚期,治疗效果不佳。如果能够了解脑瘤的早期症状,有助及时发现脑瘤征兆,及早进行检查治疗。下面北京同心医院中医脑肿瘤专家王世英主任和李桂秋主任告诉大家一下,脑子里长瘤的前期反应是什么。

1、头疼和呕吐是比较常见的早期症状。头疼要考虑是不是颅内有占位。颅内肿瘤会导致颅内压升高、脑水肿,所以会出现头疼、呕吐等颅内压增高的一些症状。头痛、呕吐和视神经乳头水肿是颅内压增高的三主征。视神经乳头水肿可能不好去查,也不方便查。头疼和呕吐可能是最明显的有问题的早期症状;

2、癫痫是脑瘤很常见的早发症状。对于胶质瘤来说,低级别胶质瘤有60%-90%的病人,癫痫是首发症状。当出现癫痫,一定要去查CT或者核磁,来明确是否是由于颅内的病变引起的;

1111.jpg

3、由于肿瘤压迫导致的一些神经系统的症状和体征。比如说眼睛睁不开,或者眼球转动不好,这是动眼神经的问题。口角有歪斜是面神经的问题。耳朵听不见,或者是出现耳鸣,可能是听神经的问题。这些是颅内肿瘤导致的常见症状。另外,一侧的肢体活动差,或者突然觉得上肢或者下肢力量差,这可能就出现问题了。神经系统是交叉支配的,如果左侧的肢体力量下降或者是运动不灵活,那么可能是右侧出现了占位或者一些其他问题。当发现一侧肢体活动差或力量下降时,要高度警惕。另外,一侧肢体的麻木也是常见的症状。比如说胳膊麻或者腿麻,也是颅内肿瘤常有的症状。

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脑瘤一般的治疗情况,手术,中医药,放化疗治疗可作为综合治疗的重要措施,首先考虑手术治疗,凡生长在可以手术切除部位的肿瘤,均应首先考虑手术治疗。对生长在不能手术切除部位或多发性脑瘤,中医药放化疗治疗也很重要,中医中药治疗主要是控制大部分脑瘤的发展、转移、缓解病情和减少放疗、化疗的不良反应。使生存质量得到改善,延长生命。北京同心医院是全国唯一多年采用纯中药治疗脑瘤的机构 , 对胶质瘤、脑膜瘤、垂体瘤、颅咽管瘤、听神经瘤、脑转移瘤等各种脑肿瘤疗效显著,部分一般患者 七至十五天明显见效 , 一部分患者用药 三至六个月左右脑瘤缩小或钙化或小部分脑瘤消失 . 部分患者手术后可有效地防止复发和转移。

多年来已为数万脑瘤患者解除病痛或高质量的延续生命。脑瘤老专家电话咨询和中医治疗请搜索,脑肿瘤专家王世英。脑瘤的治疗需要多方面的配合,脑瘤的治疗以中西医结合治疗疗效更好,西医能够快速杀死肿瘤,中医药可以对西医治疗中出现的副反应加以缓解,使西医治疗得以继续进行,两者互补,有效提高患者生活质量,延长生命期。手术之后配合中医药治疗可大大降低复发的几率,同时术后也需要做好术后的护理工作,饮食上要补充营养丰富的食物,术后做好适当的段炼,保持良好的心态都有助于延长患者的生存期。

中医脑肿瘤专家王世英主任提示:脑肿瘤属疑难疾病,请患者一定选择正规专业医院,找专业脑肿瘤科室的医生诊治,遵医嘱按时定量服用药物,不要随意购药或“组合用药”,以免延误病情,造成难以弥补的遗憾。患者需知:患者就医时提供姓名,年龄、发病史、治疗史、有关病历及检查报告单原件或复印件,CT或MRI片子.


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『每日资讯』基因组专题
参考文献下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1UnjFYex4awLRG2M4S5IkWA 提取码:dw1f 1.陆地棉和海岛棉基因组改进 From Nature Genetics,Reference ge...

参考文献下载:

链接:https://pan.baidu.com/s/1UnjFYex4awLRG2M4S5IkWA 

提取码:dw1f 


1.陆地棉和海岛棉基因组改进

 

From Nature GeneticsReference genome sequences of two cultivated allotetraploid cottons, Gossypium hirsutum and Gossypium barbadense.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41588-018-0282-x

 

同源四倍体棉种(陆地棉和海岛棉)长期以来一直在全球范围内种植,它能产生出天然可再生纺织纤维。两种物种的基因组草图序列已经被公布了,但它们高度分散且不完整。张献龙课题组通过整合单分子实时测序,BioNano光学作图和Hi-C报告参考级基因组装配和注释G. hirsutum accession Texas Marker-1TM-1)和G. barbadense accession 379 。与先前组装的草图基因组相比,这些基因组序列在具有高重复含量的区域(例如着丝粒)的连续性和完整性方面显示出相当大的改善。比较基因组学分析确定了多倍体化后可能发生的广泛结构变异,14个染色体中的大型中心/中心倒位突出显示。另外,本研究还构建了一个渐渗系群体,以引入从海岛棉到陆地棉的有利染色体片段,使研究者能够鉴定出与优质纤维品质相关的13个数量性状基因座。这些资源将加速棉花的进化和功能基因组研究,并为未来的纤维改良育种计划提供信息。[1]

 图1.jpg

Figure 1 Summary of genome assembly and annotation for cotton.

 

2.巨龟基因组揭示长寿相关基因

 

From Nature Ecology & EvolutioGiant tortoise genomes provide insights into longevity and age-related disease.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-018-0733-x

 

巨龟是生存时间最长的脊椎动物之一,因此,它为研究长寿和与年龄有关的疾病等特性提供了一个很好的模型。 然而,关于巨龟的基因组学和分子进化信息很少。 本研究描述了Lonesome George的基因组的全局分析 - 这是Chelonoidis abingdonii的标志性最后成员 - Aldabra巨龟(Aldabrachelys gigantea)。 使用无监督和监督分析将这些基因组与相关物种的基因组进行比较,检测出影响DNA修复基因,炎症介质和与癌症发展相关的基因的谱系特异性变体。 本研究还暗示了与延长寿命相关的特定进化策略,并扩展了我们对衰老基因组决定因素的理解。 这些新的基因组序列也提供了重要的资源,用来帮助恢复巨龟的种群数量。[2]

 

图2.jpg

Figure 2 | Genomic basis of longevity and cancer in giant tortoises.

 

3.月亮水母基因组

 

From Nature Ecology & EvolutionThe genome of the jellyfish Aurelia and the evolution of animal complexity.

 

DOIhttps://doi.org/10.1038/s41559-018-0719-8

 

本研究完成了月亮水母Aurelia的基因组组装。分析表明,Aurelia中的基因获得和丢失与其形态上更简单的亲戚 - 蚁珊珊瑚和海葵中的发现相当。 RNA测序分析不支持分类限制(孤儿)基因在medusa阶段的发展中发挥超大作用的假设。相反,在动物和真核生物中广泛保守的基因在整个生命周期中起着相当的作用。 Aurelia的所有生命阶段都显著富集了基因的表达,这些基因被假设为在双翅目动物中发现的蛋白质网络中相互作用。总的来说,本研究结果表明,Aurelia生命周期复杂性的增加与基因数量的增加无关。这导致了两种可能的进化情景:要么是medusozoans进化出复杂的水母生命阶段(同时转变为新的生态位),主要是通过重新研究已经存在于刺胞动物的最后共同祖先中的遗传途径,或者最早的刺胞动物具有水母生命阶段,随后在珊烘类中丢失。虽然作者赞成早期的假设,但后者与越来越多的证据相一致,即许多最早的动物比先前假设的更复杂。[3]

 

图3.jpg

Figure 3 Cnidarian relationships, life cycles and sensory structures.

 

4.Annual综述:基因组组装新方法总结

 

From Annual Review of Animal BiosciencesHost and viral determinants of influenza A virus species specificity.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41579-018-0115-z

 

经济实惠的高通量DNA测序在过去十年中加快了基因组组装的步伐。 然而,来自高通量,短读序列的基因组组装通常不像第一代基因组组装那样连续。 尽管早期基因组组装项目通常由克隆图或其他绘图数据辅助,但许多当前的组装项目放弃了这些scaffolding数据并且仅将基因组组装成更小的区段。 最近,已经发明了新技术,其允许以比传统方法更低的成本和更快的速度进行染色体组装。 本综述概述了染色体水平的组装问题和解决这个问题的传统方法。 然后,回顾了用于染色体水平组装的新技术和使用这些技术以低成本创建高度连续的基因组组装的近期基因组计划。[4]

 

图4.jpg

Figure 4  Commonly used assembly software.

 

参考文献

1.Wang, M., et al., Reference genome sequences of two cultivated allotetraploid cottons, Gossypium hirsutum and Gossypium barbadense. Nature Genetics, 2018.

2.Quesada, V., et al., Giant tortoise genomes provide insights into longevity and age-related disease. Nature Ecology & Evolution, 2018.

3.Gold, D.A., et al., The genome of the jellyfish Aurelia and the evolution of animal complexity. Nature Ecology & Evolution, 2018.

4.Rice, E.S. and R.E. Green, New Approaches for Genome Assembly and Scaffolding. Annual Review of Animal Biosciences, 2019. 7(1): p. null.

 


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『每日资讯』膝关节骨性关节炎疗法;前列腺癌特异性标志物;巨噬细胞在非酒精性脂肪肝病中的作用;甲型
参考文献下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1AfunoIEidbY5af40kdv7Gg 提取码:6vip 1.膝关节骨性关节炎疗法 From Nature Reviews Rheumatology,In...

参考文献下载:

链接:https://pan.baidu.com/s/1AfunoIEidbY5af40kdv7Gg 

提取码:6vip 


1.膝关节骨性关节炎疗法


 

From Nature Reviews RheumatologyIntra-articular treatment options for knee osteoarthritis.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41584-018-0123-4

 

关节内药物递送相对于全身给药具有许多优点;然而,在过去的20年中,用于治疗膝关节骨性关节炎(OA)的关节内治疗选择仅限于镇痛药,糖皮质激素,透明质酸(HA)和少数未经证实的替代疗法。尽管HA和糖皮质激素可以为相当数量的患者提供临床上有意义的益处,但是新出现的证据表明这些治疗的明显有效性主要是由于其他因素,包括安慰剂效应。针对炎症过程的生物药物用于治疗类风湿性关节炎,但尚未很好地用于OA。缺乏高水平证据和方法学限制阻碍了我们对所谓的“干细胞”疗法的理解,尽管关节内细胞疗法(如富含血小板的血浆和骨髓抽吸浓缩物)的标签外给药是在推荐这些治疗之前,需要常见的高质量临床数据。许多有希望的关节内治疗目前正在美国进行临床开发,包括小分子和生物疗法,装置和基因疗法。尽管对OA进行新的非手术治疗的前景令人兴奋,但必须仔细权衡新治疗的成本和潜在风险。[1]

 

图1.jpg

Figure 1 Intra-articular treatments for osteoarthritis.

 

2.前列腺癌特异性标志物

 

From Nature Reviews UrologyProstate-specific markers to identify rare prostate cancer cells in liquid biopsies.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41585-018-0119-5

 

尽管早期检测和治疗进展有所改善,前列腺癌患者仍继续死于疾病。原发性确定性治疗后的微小残留病可导致复发和远处转移,并且越来越多的证据表明循环肿瘤细胞(CTC)和骨髓衍生的播散性肿瘤细胞(BM-DTC)可以为前列腺癌的传播提供临床相关的生物学见解。使用上皮标志物来准确检测CTCBM-DTC有相当困难相关,并且使用稀有细胞测定法检测这些细胞需要前列腺特异性标志物。已经鉴定了推定的前列腺特异性标志物,并且需要使用这些标志物从液体活组织检查染色罕见癌细胞的优化策略。理想的前列腺特异性标记物将在整个疾病进展中在每个CTCBM-DTC上表达(给予高灵敏度),并且不会在样品中的非前列腺癌细胞上表达(给出高特异性)。一些标记物可能不足以使前列腺特异性地用作前列腺癌细胞的个体标记物,而其他标记物可能是真正的前列腺特异性的并且将成为用于稀有细胞测定的理想标记物。未来研究的目标是使用敏感和特异性前列腺标记物来持续可靠地识别罕见的癌细胞。[2]

 

图2.jpg

Figure 2 Timing of tumour dissemination during prostate cancer progression.

 

3.巨噬细胞在非酒精性脂肪肝病中的作用

 

From Nature Reviews Gastroenterology & HepatologyThe role of macrophages in nonalcoholic fatty liver disease and nonalcoholic steatohepatitis.

 

DOIhttps://doi.org/10.1038/s41575-018-0082-x

 

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)及其炎症性和常发性亚型非酒精性脂肪性肝炎(NASH)正成为全球肝脏相关发病率和死亡率的主要原因,也是肝移植的主要指征。 NASH的病理生理学是多因素的,尚未完全理解;然而,先天免疫是肝脏驻留巨噬细胞(库普弗细胞)和募集巨噬细胞在疾病进展中起重要作用的主要因素。在本综述中,作者评估了巨噬细胞参与NASH脂肪变性,炎症和纤维化发展的证据。在该过程中,不仅肝巨噬细胞朝向促炎表型的极化是重要的,而且脂肪组织巨噬细胞,尤其是内脏区中的脂肪组织巨噬细胞也有助于疾病严重性和胰岛素抗性。由于肠道通透性增加,从受损或脂肪细胞凋亡的肝细胞释放的因子,以及肠道微生物群和确定的营养成分(包括某些游离脂肪酸,胆固醇及其代谢物)的改变,巨噬细胞活化由诸如内毒素和易位细菌的因子介导。为了反映巨噬细胞在NASH中的重要作用,作者还回顾了研究针对巨噬细胞募集肝脏的药物,巨噬细胞极化及其炎症效应作为NASH患者潜在治疗选择的研究。[3]


图3.jpg 

Figure 3 Macrophage polarization and phenotype in liver inflammation and fibrosis.


4.甲型流感病毒综述

 

From Nature Reviews MicrobiologyHost and viral determinants of influenza A virus species specificity.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41579-018-0115-z

 

甲型流感病毒在物种之间交叉时引起大流行,并且抗原新型病毒获得在这些新宿主之间感染和传播的能力。大流行的时间目前无法预测,但取决于生态和病毒学因素。甲型流感病毒的宿主范围由病毒和宿主细胞因子之间的物种特异性相互作用决定。这些包括结合和进入细胞,在宿主细胞核内复制病毒RNA基因组,逃避宿主限制因子和先天免疫应答以及在个体之间传递的能力。在本综述中,研究了动物甲型流感病毒(特别是鸟类)必须克服的宿主障碍才能引发人类大流行,并描述在跨越物种屏障时病毒是如何突变以与人类宿主建立新的相互作用。这些知识用于为未来的大流行病进行风险评估,并确定可能被新型干预策略作为目标的病毒 - 宿主相互作用。[4]

 

图4.jpg

Figure 4  Ecology of influenza viruses.

 

参考文献

1.Jones, I.A., et al., Intra-articular treatment options for knee osteoarthritis. Nature Reviews Rheumatology, 2018.

2.van der Toom, E.E., et al., Prostate-specific markers to identify rare prostate cancer cells in liquid biopsies. Nature Reviews Urology, 2018.

3.Kazankov, K., et al., The role of macrophages in nonalcoholic fatty liver disease and nonalcoholic steatohepatitis. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 2018.

4.Long, J.S., et al., Host and viral determinants of influenza A virus species specificity. Nature Reviews Microbiology, 2018.

 


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『每日资讯』Science专辑
参考文献下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1MMQwG1w-IalS7rJ1cjlvgQ 提取码:wioz 1.人类最早在3-4万年前定居青藏高原 From Science,The earliest human occupa...

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1.人类最早在3-4万年前定居青藏高原

 

From ScienceThe earliest human occupation of the high-altitude Tibetan Plateau 40 thousand to 30 thousand years ago.

 

DOI: 10.1126/science.aat8824

 

3万年前,人类已经在亚洲没有被冰覆盖的任何地区居住,甚至可能已经定居在北冰洋海岸。亚洲最后一个被定居的地方之一是青藏高原,这是北半球最具挑战性和最恶劣的环境之一。平均海拔高度约为4000米,年平均温度接近水的冰点,只有海平面氧气浓度的一半,不难看出为什么会出现这样的挑战。许多研究人员坚持认为它只是在全新世(当前时代,大约12000年前开始)通过农业大麦和牦牛的驯化进行了殖民化。其他人认为它可能最初在大约15000年前的最后一个冰河时代结束时被殖民化,当时猎人觅食者在夏季开始在更高的高度捕猎,并逐渐学会如何适应这种恶劣的环境。来自现代藏人的一些遗传证据表明,高原可能在最后一次冰川最大值之前3万年前被殖民,但缺乏考古证据。在本期的Science,张等人报道说,青藏高原不仅最早占领的“世界屋脊”,而且是世界上人类居住在高海拔地区的最早记录。[1, 2]

 图1.jpg

Figure 1 The location of the ND site and excavation unit.

 

2.果蝇交配行为中的“文化传统”

 

From ScienceCultural flies: Conformist social learning in fruitflies predicts long-lasting mate-choice traditions.

 

DOI: 10.1126/science.aat1590

 

文化遍及人类生活的方方面面,其成就为人种对地球的统治提供了令人信服的解释。被定义为由前几代人建立并由社会学习继承的传统矩阵,文化长期以来被认为是独特的人类。然而,近几十年来,以这种方式定义的文化的越来越多的证据已经积累了许多脊椎动物物种和不断扩大的行为多样性。例子包括大角羊的迁徙知识;座头鲸,大山雀和大黄蜂的觅食技术;和工具在猿中的使用。这些发现表明,虽然人类文化已经发展出前所未有的复杂性,但它是从与其他物种共享的更基本的形式演变而来的。在本期的ScienceDanchin等人提供证据证明可能会使许多人感到惊讶的物种应该添加到这个不断增长的动物“文化俱乐部”中:不起眼的果蝇。他们表明,雌性果蝇的交配偏好受其在其他雌性中观察到的现有偏好的强烈影响,产生的传统反复传递给其他人并在人群中传播。动物文化可能是一种比迄今为止所承认的更广泛的现象。[3, 4]

 

图2.jpg

Figure 2 Criterion 1 of social learning.

 

3.跳跃蜘蛛的“乳汁”供应行为学

 

From ScienceProlonged milk provisioning in a jumping spider.

 

DOI10.1126/science.aat3692

 

哺乳期是哺乳动物的属性,少数已知的非哺乳动物具有明显不同的形态。 本研究记录了跳跃蜘蛛中的“乳汁”供应,其在功能和行为上与哺乳动物的泌乳进行比较。 蜘蛛捕获从母亲的上腹沟中分泌的营养乳滴,直到亚成体阶段。 在早期阶段,乳汁对于后代的生存是必不可少的,并且是后期觅食的补充。 对于一些长寿的脊椎动物,母亲的照顾在后代成熟后继续存在。 此外,只有在母亲在场时才会获得女性偏见的成年性别比例。 这些研究结果表明,对于性成熟后代的哺乳动物奶供应和父母照顾也在无脊椎动物中进化,鼓励重新评估它们在动物界的发生,特别是在无脊椎动物中。[5]

 

 图3.jpg

Figure 3 Spider milk and its secretion site in T. magnus.

 

4.单细胞多组学测序分析人结直肠癌

 

From ScienceSingle-cell multiomics sequencing and analyses of human colorectal cancer.

 

DOI: 10.1126/science.aao3791

 

为了更好地设计癌症治疗方法,了解肿瘤的异质性,对帮助癌症转移是非常重要的。为了研究这个过程,汤富酬等课题组使用单细胞三联组学测序(scTrio-seq)技术检查来自10个个体患者的结肠直肠癌肿瘤和转移瘤中的突变,转录组和甲基化组。该分析提供了肿瘤进化的见解,将DNA甲基化与遗传谱系联系起来,并且显示DNA甲基化水平在谱系内是一致的,但在克隆中可以显着不同。

 

虽然基因组不稳定性,表观遗传异常和基因表达失调是结肠直肠癌的标志,但这些特征尚未在单细胞分辨率下同时进行分析。使用优化的单细胞多组学测序以及原发肿瘤和淋巴和远处转移的多区域采样,研究者开发了超出肿瘤内异质性的见解。全基因组DNA甲基化水平在单个遗传亚系内相对一致。在测序的DNA的所有10名患者中,癌细胞的全基因组DNA去甲基化模式是一致的。癌细胞的DNA去甲基化程度明显与正常组织的异染色质相关组蛋白修饰H3K9me3的密度和重复元素长散在的核元件1的密度相关。本工作证明了使用单细胞多组学重建遗传谱系和追踪其表观基因组和转录组学动态的可行性。[6]

 图4.jpg

Figure 4  Reconstruction of genetic lineages with scTrio-seq2.

 

参考文献

1.Zhang, J.-F. and R. Dennell, The last of Asia conquered by Homo sapiens. Science, 2018. 362(6418): p. 992-993.

2.Zhang, X.L., et al., The earliest human occupation of the high-altitude Tibetan Plateau 40 thousand to 30 thousand years ago. Science, 2018. 362(6418): p. 1049-1051.

3.Danchin, E., et al., Cultural flies: Conformist social learning in fruitflies predicts long-lasting mate-choice traditions. Science, 2018. 362(6418): p. 1025-1030.

4.Whiten, A., Culture and conformity shape fruitfly mating. Science, 2018. 362(6418): p. 998-999.

5.Chen, Z., et al., Prolonged milk provisioning in a jumping spider. Science, 2018. 362(6418): p. 1052-1055.

6.Bian, S., et al., Single-cell multiomics sequencing and analyses of human colorectal cancer. Science, 2018. 362(6418): p. 1060-1063.

 


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参考文献下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1wOuM5iwxrdIKRGc5NpOGHQ 提取码:o7rk 1.CDK12通过抑制内含子多腺苷酸化来调节DNA修复基因 From Nature,CDK12 ...

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链接:https://pan.baidu.com/s/1wOuM5iwxrdIKRGc5NpOGHQ 

提取码:o7rk 

1.CDK12通过抑制内含子多腺苷酸化来调节DNA修复基因

 

From NatureCDK12 regulates DNA repair genes by suppressing intronic polyadenylation.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-018-0758-y

 

减弱同源重组(HR)介导的修复的突变促进肿瘤发生并使细胞对导致复制叉塌陷的化学治疗剂敏感,这种表型被称为“BRCAness”。 BRCAness肿瘤起因于22个基因的功能丧失突变。在这些基因中,除了一个(CDK12)之外的所有基因都直接在HR修复途径中起作用。 CDK12磷酸化RNA聚合酶II C-末端结构域七肽重复的丝氨酸,这是一种调节转录延伸,剪接和切割以及多腺苷酸化的修饰。全基因组表达研究表明,CDK12的缺失相对特异地消除了几种HR基因的表达,从而使HR修复变得困难。该观察结果表明,CDK12的突变状态可以预测针对BRCA的靶向治疗的敏感性,例如PARP1抑制剂,并且CDK12抑制剂可以诱导HR-感受态肿瘤对这些治疗的敏感。尽管临床兴趣日益增加,但CDK12调节HR基因的机制仍然未知。本文研究显示CDK12全面抑制小鼠胚胎干细胞中的内含多聚腺苷酸化事件,从而能够产生全长基因产物。许多HR基因比其他表达的基因具有更多的内含子多腺苷酸化位点,并且这些位点对CDK12的丧失特别敏感。这些位点的累积效应解释了HR基因表达对CDK12缺失的增强的敏感性,并且发现该机制在包含功能丧失的CDK12突变的人肿瘤中是保守的。这项工作阐明了CDK12的功能,并强调了其作为化学治疗靶标和肿瘤生物标志物的潜力。[1]

 

图1.jpg

Figure 1 CDK12 depletion causes attenuated DNA damage repair in mES cells.

 

2.FBXO38介导PD-1泛素化并调节T细胞的抗肿瘤免疫力

 

From NatureFBXO38 mediates PD-1 ubiquitination and regulates anti-tumour immunity of T cells.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-018-0756-0

 

肿瘤微环境中功能失调的T细胞具有异常高的PD-1表达,抗PD-1或其配体(PD-L1)的抗体抑制剂已成为治疗各种类型癌症的常用药物。这些抑制剂的临床成功突出了研究PD-1受调控机制的必要性。本研究报告了PD-1降解的机制以及该机制在临床前模型中抗肿瘤免疫中的重要性。研究显示表面PD-1在活化的T细胞中经历内化,随后泛素化和蛋白酶体降解。 FBXO38PD-1E3连接酶,其介导Lys48-连接的多泛素化和随后的蛋白酶体降解。 T细胞中Fbxo38的条件性敲除不影响T细胞受体和CD28信号传导,但由于肿瘤浸润性T细胞中PD-1水平较高,导致小鼠肿瘤进展更快。抗PD-1治疗使FBXO38缺乏对小鼠肿瘤生长的影响正常化,这表明PD-1T细胞中FBXO38的主要靶标。在人肿瘤组织和小鼠癌症模型中,FBXO38Fbxo38的转录水平分别在肿瘤浸润性T细胞中下调。然而,IL-2疗法挽救了Fbxo38转录,因此下调了小鼠PD-1 + T细胞中的PD-1水平。这些数据表明FBXO38调节PD-1表达并突出显示阻断PD-1途径的替代方法。[2]

 

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Figure 2 Analysis of surface PD-1 dynamics.

 

3.整合素信号传导胰腺祖细胞的命运决定

 

From NatureMechanosignalling via integrins directs fate decisions of pancreatic progenitors.

 

DOIhttps://doi.org/10.1038/s41586-018-0762-2

 

胰腺起源于前肠的两个上皮外翻,其由多能上皮祖细胞组成,其组织成复杂的肾小管上皮网络。每个上皮分支的主干结构域由双能胰腺祖细胞(bi-PPs)组成,其产生导管和内分泌谱系,而尖端产生腺泡细胞。在这里,本研究确定了外在和内在的信号机制,协调这些谱系命运决定的转录事件。来自人类胚胎干细胞的胰腺双能胰腺祖细胞的单细胞分析显示,细胞限制是内分泌规范的先决条件,而扩散驱使祖细胞朝向导管命运。机制研究确定细胞外基质(ECM)与整合素α5的相互作用作为细胞外线索,细胞自主地通过F-肌动蛋白-YAP1-Notch机械信号转导轴控制双能胰腺祖细胞的命运。尽管ECM-整联蛋白α5信号传导促进向导管谱系的分化,但当该信号级联被破坏时刺激内分泌发生。该级联可以在药理学上或遗传上被破坏,以将源自人胚胎干细胞的双能胰腺祖细胞转化为产生激素的胰岛细胞。本研究结果确定了细胞 - 外在和内在的机械转导途径,它在发育中的胰腺的双能胰腺祖细胞的命运决定中充当了守门人。 [3]

 

 图3.jpg

Figure 3 Cell spreading determines cell specification and gene expression in pancreatic progenitors.

 

4.Stella通过阻止DNMT1介导的从头甲基化来保护卵母细胞甲基化组

 

From NatureStella safeguards the oocyte methylome by preventing de novo methylation mediated by DNMT1.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-018-0751-5

 

哺乳动物卵母细胞的出生后生长伴随着DNA甲基化的逐渐增加,其主要由DNMT3A介导,DNMT3A是从头DNA甲基转移酶。与精子和大多数体细胞的基因组不同,卵母细胞基因组在转录惰性区域中被低甲基化。然而,如何确定卵母细胞甲基化组的这种独特特征,并且其对早期胚胎发育能力的贡献很大程度上仍然未知。本研究证明了Stella的重要性,Stella是女性生育所必需的因素,用于塑造小鼠卵母细胞甲基化组。缺乏Stella的卵母细胞在全基因组水平上获得过多的DNA甲基化,包括在无活性基因的启动子中。这种异常的高甲基化部分地由双细胞期胚胎遗传并损害合子基因组活化。从机制上讲,Stella的丢失导致DNA甲基化调节因子UHRF1的异位核积累,这导致维持DNA甲基转移酶DNMT1在细胞核中的错误定位。遗传分析证实了UHRF1DNMT1Stella缺陷卵母细胞中产生异常DNA甲基化组的主要作用。因此,Stella通过阻止由DNMT1UHRF1介导的异常DNA从头甲基化来保护独特的卵母细胞表观基因组。[4]

 

图4.jpg

Figure 4  Stella disrupts the nuclear localization of UHRF1 through nuclear export.

 

参考文献

 

1.Dubbury, S.J., P.L. Boutz, and P.A. Sharp, CDK12 regulates DNA repair genes by suppressing intronic polyadenylation. Nature, 2018.

2.Meng, X., et al., FBXO38 mediates PD-1 ubiquitination and regulates anti-tumour immunity of T cells. Nature, 2018.

3.Mamidi, A., et al., Mechanosignalling via integrins directs fate decisions of pancreatic progenitors. Nature, 2018.

4.Li, Y., et al., Stella safeguards the oocyte methylome by preventing de novo methylation mediated by DNMT1. Nature, 2018.

 


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『每日资讯』基因组编辑婴儿事件引起国际社会的强烈抗议;尼安德特人与现代人之间的多次杂交
参考文献下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1MMRnnVBA6pFkQTOG4qxodg 提取码:jj3f 1.基因组编辑婴儿事件引起国际社会的强烈抗议From Nature,Genome-edited baby ...

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1.基因组编辑婴儿事件引起国际社会的强烈抗议


From Nature,Genome-edited baby claim provokes international outcry. DOI: 10.1038/d41586-018-07545-0 一位中国科学家声称帮助制造了世界上第一个基因组编辑的婴儿 - 这个月出生的双胞胎女孩。 这一消息引起了世界各地科学家们的震惊和愤怒。 中国南方科技大学的一位基因组编辑研究员贺建奎表示,他为一名妇女提供了一个胚胎,这些胚胎经过编辑,禁用了HIV用来感染细胞的遗传途径。 在发布到YouTube的视频中 ,他说这些女孩是健康的,现在和父母在一起。他说,对婴儿DNA进行测序表明,编辑有效,只改变了目标基因。 你应该编辑孩子的基因吗? 该科学家的说法尚未通过独立的基因组测试得到验证,也未在同行评审期刊上发表。 但是,如果这是真的,那么双胞胎的出生将代表着使用基因组编辑的一个重大且有争议的飞跃。 到目前为止,这些工具在胚胎中的使用仅限于研究,通常用于研究使用该技术消除人类种系中引起疾病的突变。 但一些研究报告了脱靶效应,引发了重大的安全问题。 艾滋病毒的切入点 在中国临床试验登记处发布的文件显示,他使用流行的CRISPR-Cas9基因组编辑工具来禁用一种名为CCR5的基因,该基因编码一种允许HIV进入细胞的蛋白质。 基因组编辑科学家Fyodor Urnov要求审查描述在CCR5基因座编辑的人类胚胎和胎儿的DNA序列分析的文件,以获取麻省理工学院技术评论中的一篇文章。 “我审查的数据与编辑实际上已经发生的事实是一致的,”位于华盛顿州西雅图的Altius生物医学科学研究所的Urnov说。 但他补充说,判断儿童基因组是否已被编辑的唯一方法是独立测试他们的DNA。 Urnov对编辑胚胎基因组以防止HIV感染的决定提出异议。 他还使用基因组编辑工具来靶向CCR5基因,但他的研究是针对HIV患者,而不是胚胎。 他说,有一种“安全有效的方法”可以利用遗传学来保护人们免受艾滋病毒的侵害,而这些方法不涉及编辑胚胎的基因。 “目前,胚胎编辑还没有未满足的医学需求,”他说。 在南加州大学研究HIV的Paula Cannon也质疑他决定在胚胎中靶向CCR5基因。她说,一些艾滋病毒株甚至不使用这种蛋白质进入细胞,他们使用另一种称为CXCR4的蛋白质。 Cannon说,即使是天然CCR5阴性的人也不能完全抵抗HIV,因为它们可能被CXCR4株感染。 不要编辑人类种系 英国牛津大学Oxford Uehiro实践伦理中心主任Julian Savulescu说:“这项实验使健康的正常儿童面临基因编辑的风险,而没有真正的必要利益。” 伦敦大学学院的女性和生殖健康研究人员乔伊斯哈珀说,需要多年的研究才能证明干预胚胎的基因组并不会造成伤害。 在用于植入的胚胎中使用基因组编辑之前,也应该进行立法和公众讨论。 “今天关于人类胚胎基因组编辑抗艾滋病病毒的报告是不成熟的,危险的和不负责任的,”哈珀说。 大学“不知道” 南方科技大学在11月26日的一份声明中说,它没有意识到他的实验,这项工作没有在大学进行,而且他从2月开始休假。 声明说:“南方科技大学要求科学研究遵守国家法律法规,尊重和遵守国际学术道德和学术标准。” 该大学表示将成立一个独立委员会来调查此事。 超过100名中国生物医学研究人员在网上发表了一份措辞强硬的声明,谴责了他的说法。 声明说:“直接跳入人体实验只能被描述为疯狂。” 科学家呼吁中国当局调查此案,并对此程序实行严格的规定。 声明说:“这对国际声誉和中国科学的发展,特别是在生物医学研究领域的发展,是一个巨大的打击。” “对于那些正在追求研究和创新,同时严格遵守道德限制的大多数勤奋和尽职尽责的科学家来说,这是极不公平的。” Nature杂志已与贺联系,但尚未得到对他实验的担忧的回应。 制作基因编辑的婴儿违反了中国卫生和科学部在2003年发布的规定,但目前尚不清楚违反规定的人是否会受到处罚。 在YouTube视频中,他说这对双胞胎的父母接受了体外精 (IVF)。 当胚胎只是一个细胞时,他说他的研究小组插入了一种编辑蛋白,在胚胎植入母体之前就禁用了CCR5 。 不可避免的进步? 11月27日至29日将在香港举行一次关于基因组编辑的重要国际会议。 峰会的一个关键目标是就如何进行基因组编辑修改卵子,精子或胚胎(称为种系编辑)达成国际共识。 甚至在他的工作出现之前,该领域的许多人都认为,有人会使用基因组编辑工具来改变人类胚胎以便植入女性,并且一直在推动制定道德准则。 他支持仅在与疾病相关的病例中使用胚胎中的基因组编辑,并表示应禁止基因调整以增强智力或选择头发和眼睛颜色等特征。 “我知道我的工作会引起争议,但我相信家庭需要这种技术,我愿意接受批评,”他说。 日本札幌北海道大学的生物伦理学家石井哲也不认为在胚胎中应用基因组编辑来减少HIV感染是合理的。 他说,艾滋病毒感染妇女的婴儿可以通过剖腹产分娩,以避免在分娩过程中传染。 在双胞胎的情况下,父亲是艾滋病毒阳性,但母亲不是,他在YouTube视频中说。 但坎农说,招募艾滋病毒阳性父亲的家庭是没有意义的,因为没有真正的传染给孩子的风险。 “我真的很生气,”坎农说。 她希望,由于这一宣布,科学家和政策制定者将讨论如何规范这种做法。 在接受美联社采访时 ,贺说,这项工作的目的不是为了防止父母的传染,而是为受艾滋病影响的夫妇提供一个可能保护儿童免受类似命运的机会。 最近的调查显示,如果公众能够解决导致疾病的突变,公众就会支持胚胎中的基因组编辑。 2017年12月,位于伦敦的独立咨询委员会纳菲尔德生物伦理委员会发布了一项对319人的调查 。 如果允许不育夫妇生育孩子,或者如果它允许一对夫妇改变胚胎中引起疾病的突变,那么将近70%的人支持基因编辑。 上个月发布的一项针对4,196名中国公民的大型调查显示,如果目标是避免疾病,对修改基因的支持水平相似。 但受访者反对使用它来提高智商或运动能力,或改变肤色。 图1.jpgFigure 1 A Chinese scientist claims that twin girls have been born whose genomes were edited at the embryo stage.Credit: Pascal Goetgheluck/Science Photo Library.


2.尼安德特人与现代人之间的多次杂交


From Nature Ecology & Evolution,Multiple episodes of interbreeding between Neanderthal and modern humans. DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-018-0735-8 在人类迁出非洲之后,尼安德特人和解剖学上的现代人在地理上重叠了3万多年。在此期间,尼安德特人与人类杂交。现在已经通过非非洲人携带尼安德特人基因组的部分证明了这一点。一个关键的观察结果是,与东欧人相比,东亚人的尼安德特人血统比例高出约12-20%。本研究探索可以解释这一观察的各种人口统计模型。这些包括区分单一混合事件和对任一种群的多种尼安德特人贡献,以及现代欧洲人减少尼安德特人血统的假设是由于最近与缺乏尼安德特人血统成分的幽灵种群的混合(“稀释”假设)。为了总结尼安德特人等位基因频率的不对称模式,研究者编制了欧洲和东亚尼安德特人片段的联合片段频谱,并将其与分析理论和在各种混合模型下模拟的数据进行了比较。使用最大似然和机器学习,他们发现单个混合物的简单模型不符合经验数据,而是支持多个基因流入欧洲和东亚人群的模型。这些发现表明人类与尼安德特人之间的长期,更复杂的相互作用比以前所认识的更为复杂。[1, 2]

图2.jpgFigure 2 Map of the encounters between different archaic hominins and ancient modern humans (AMH).


3.YETI:解释由大量公共数据指导的个体功能基因组学实验


From Nature Methods,Interpretation of an individual functional genomics experiment guided by massive public data. DOI:https://doi.org/10.1038/s41592-018-0218-5 解释组学实验的一个关键的未满足的挑战是在公共功能基因组学数据的背景下推断生物学意义。 本文开发了一个计算框架,即Evidence Tailored Integration(YETI; http://yeti.princeton.edu/),它可以从与单个组学实验相关的大型公共数据集中创建专门的功能交互图。 使用这种定制的整合,研究者可以预测并实验证实在季节性或大流行性人流感病毒感染后病毒复制出现意外的差异。[3]   图3.jpg

Figure 3 Overview of YETI.


4.FIT:用于小鼠到人类推断的机器学习模型


From Nature Methods,Found In Translation: a machine learning model for mouse-to-human inference. DOI: https://doi.org/10.1038/s41592-018-0214-9 跨物种差异构成了转化研究的障碍,最终阻碍了临床试验的成功,但物种差异的知识尚未系统地纳入动物模型的解释中。 本文介绍了Found In Translation(FIT; http://www.mouse2man.org),这是一种统计方法,利用公共基因表达数据推断新的小鼠实验的结果,以在等效的人类条件下表达变化。 研究者将FIT应用于来自28种不同人类疾病的小鼠模型的数据,并鉴定了实验条件,其中FIT预测优于小鼠结果的直接跨物种外推,使差异表达基因的重叠增加20-50%。 FIT预测了新的疾病相关基因,他们通过实验验证了其中的一个例子。 FIT突出显示可能会错过的信号并减少错误的线索,而无需实验成本。[4]

图4.jpgFigure 4  Disease versus control gene expression datasets are markedly dissimilar across species. 参考文献 1.Villanea, F.A. and J.G. Schraiber, Multiple episodes of interbreeding between Neanderthal and modern humans. Nature Ecology & Evolution, 2018. 2.Mafessoni, F., Encounters with archaic hominins. Nature Ecology & Evolution, 2018. 3.Lee, Y.-s., et al., Interpretation of an individual functional genomics experiment guided by massive public data. Nature Methods, 2018. 4.Normand, R., et al., Found In Translation: a machine learning model for mouse-to-human inference. Nature Methods, 2018.

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『每日资讯』玉米多组学揭示了蛋白质组重塑和脂质周转中自噬回收的作用;DNMT3A突变导致小脑侏儒
参考文献下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1NyCA1Zyk_9w0dyqWrebhKw 提取码:xwuh 1.玉米多组学揭示了蛋白质组重塑和脂质周转中自噬回收的作用 From Nature Plants...

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1.玉米多组学揭示了蛋白质组重塑和脂质周转中自噬回收的作用


 

From Nature PlantsMaize multi-omics reveal roles for autophagic recycling in proteome remodelling and lipid turnover.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41477-018-0299-2

 

通过自噬包封和向液泡递送的细胞质材料的周转对于回收细胞成分是必不可少的,尤其是在营养限制条件下。为了确定细胞/组织如何依赖自噬,研究者应用深入的多组学分析来研究在充氮和饥饿条件下生长的玉米(Zea mays)自噬突变体。叶片代谢组的广泛变化在缺失核心自噬组分ATG12的植物中是明显的,即使在没有胁迫的情况下,尤其影响脂质周转和次级代谢物的产物,其由转录组和/或蛋白质组的实质变化支撑。信使RNA和蛋白质丰度的交叉比较允许鉴定靶向选择性自噬清除的细胞器,蛋白质复合物和单个蛋白质,并揭示了由该分解代谢控制的几个过程。总之,本研究描述了一种简单的多组学策略来调查自噬基质,并表明自噬在营养应激之前和期间对真核蛋白质组和膜的雕刻具有显着影响。[1]

 图1.jpg

Figure 1 Maize atg12 mutants are hypersensitive to nitrogen stress and have elevated protein content.

 

2.功能获得性DNMT3A突变导致小脑侏儒症和Polycomb调节区域的高甲基化

 

From Nature GeneticsGain-of-function DNMT3A mutations cause microcephalic dwarfism and hypermethylation of Polycomb-regulated regions.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41588-018-0274-x

 

DNA甲基化和Polycomb是建立脊椎动物细胞特性和命运的关键因素。在这里,研究者报告了DNMT3A中的从头错义突变,其编码DNA甲基转移酶DNMT3A。这些突变导致小头畸形侏儒症,这是一种极端全局性生长失败的细胞紊乱。 PWWP结构域中的取代消除了与组蛋白修饰H3K36me2H3K36me3的结合,并改变了患者细胞中的DNA甲基化。多梳相关的DNA甲基化谷,包含发育基因的低甲基化结构域变为甲基化,伴随着H3K27me3H3K4me3二价标记的消耗。这种从头DNA甲基化在体外分化Dnmt3aW326R多能细胞期间发生,并且在Dnmt3aW326R / +矮化小鼠中也是明显的。因此,研究者提出DNMT3A PWWP结构域与H3K36me2H3K36me3的相互作用通常限制多梳标记区域的DNA甲基化。本研究结果暗示了DNA甲基化和Polycomb在关键发育调节因子之间的相互作用,这是哺乳动物体内大小的决定因素。[2]

 图2.jpg

Figure 2 De novo mutations in DNMT3A cause microcephalic dwarfism.

 

3.开放染色质区域之间因果互作的高分辨率遗传图谱

 

From Nature GeneticsHigh-resolution genetic mapping of putative causal interactions between regions of open chromatin.

 

DOIhttps://doi.org/10.1038/s41588-018-0278-6

 

三维空间中调节元件的物理相互作用对疾病研究提出了挑战,因为非编码风险变体可能与它们调节的基因距离很远。捕获这些相互作用的实验方法,例如染色体构象捕获,通常不能指定调节元件之间的因果方向,这是精细定位研究的重要组成部分。本研究开发了一种贝叶斯分层方法,该方法使用两阶段最小二乘法并将其应用于来自100个个体的ATAC-seq(使用测序的转座酶可接近的染色质测定)数据集,以鉴定超过15,000个高可信度的因果相互作用。大多数(60%)相互作用发生在<20 kb,其中基于染色体构象捕获的方法表现不佳。对于一小部分基因座,他们确定了一种改变跨多个区域的可及性的单一变体,并使用CRISPR基因组编辑通过实验验证了与多种自身免疫疾病相关的BLK基因座。本研究强调了染色质状态的关联遗传学是识别调节元件之间相互作用的有力方法。[3]

  

 图3.jpg

Figure 3 | Overview of the PHM and summary statistics.

 

4.注意力缺陷/多动障碍的GWAS研究

 

From Nature GeneticsDiscovery of the first genome-wide significant risk loci for attention deficit/hyperactivity disorder.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41568-018-0083-7

 

注意力缺陷/多动障碍(ADHD)是一种高度遗传性的儿童行为障碍,影响5%的儿童和2.5%的成年人。常见的遗传变异实质上对ADHD易感性有贡献,但没有变体与ADHD强烈相关。本研究报告了20,183名被诊断患有ADHD的个体的全基因组关联荟萃分析和35,191名对照,这些对照在12个独立基因座中鉴定超过全基因组显著性的变体,发现了关于ADHD潜在生物学的重要新信息。在进化上受限的基因组区域和功能丧失的不耐受基因以及脑表达的调节标记周围丰富了关联。三项复制研究的分析:一组被诊断患有ADHD的个体,自我报告的ADHD样本和人群中ADHD症状的定量测量的荟萃分析,支持这些发现,同时强调研究特定的遗传重叠与教育程度的差异。与ADAS症状的定量人群测量的GWAS强烈一致支持ADHD的临床诊断是持续遗传性状的极端表达。[4]

 图4.jpg

Figure 4  Manhattan plot of the results from the GWAS meta-analysis of ADHD.

 

参考文献

1.McLoughlin, F., et al., Maize multi-omics reveal roles for autophagic recycling in proteome remodelling and lipid turnover. Nature Plants, 2018.

2.Heyn, P., et al., Gain-of-function DNMT3A mutations cause microcephalic dwarfism and hypermethylation of Polycomb-regulated regions. Nature Genetics, 2018.

3.Kumasaka, N., A.J. Knights, and D.J. Gaffney, High-resolution genetic mapping of putative causal interactions between regions of open chromatin. Nature Genetics, 2018.

4.Demontis, D., et al., Discovery of the first genome-wide significant risk loci for attention deficit/hyperactivity disorder. Nature Genetics, 2018.

 


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『每日资讯』核糖体的装配;非组蛋白乙酰化的功能和机制;新生儿戒断综合征;癌细胞之间的合作:将博弈
参考文献下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1jkaRJIdIdDEnRJ0dKg8_Ew 提取码:fn0y 1.核糖体的装配 From Nature Reviews Molecular Cell Biol...

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链接:https://pan.baidu.com/s/1jkaRJIdIdDEnRJ0dKg8_Ew 

提取码:fn0y 



1.核糖体的装配

 

From Nature Reviews Molecular Cell BiologyRibosome assembly coming into focus.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41580-018-0078-y

 

在过去的25年中,酵母中核糖体装配的遗传和生物化学分析已经确定了参与这种复杂途径的大多数因子,并且已经产生了驱动装配的机制的模型。最近,酵母核糖体装配中间体的许多低温电子显微镜结构的出版提供了核糖体前体颗粒的近原子分辨率快照。令人满意的是,这些结构数据支持遗传和生物化学模型,并为核糖体组装提供额外的机制洞察力。在本综述中,作者讨论了在核仁,细胞核和细胞质中组装酵母小核糖体亚基和大核糖体亚基的机制。特别强调的概念包括RNA压缩机制,分子开关和分子模拟的功能,装配检查点的不可逆性以及核糖体前颗粒的结构和功能校对的作用。[1]

 核糖体的装配.jpg

Figure 1 Pre-rRNA processing in yeast.

 

2.非组蛋白乙酰化的功能和机制

 

From Nature Reviews Molecular Cell BiologyFunctions and mechanisms of non-histone protein acetylation.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41580-018-0081-3

 

Nε-赖氨酸乙酰化在半个多世纪以前被发现作为组蛋白的翻译后修饰,并且已经在转录调节的背景下进行了广泛研究。在过去十年中,蛋白质组学分析显示非组蛋白经常被乙酰化并构成哺乳动物细胞中乙酰基的主要部分。实际上,非组蛋白乙酰化涉及与生理学和疾病相关的关键细胞过程,例如基因转录,DNA损伤修复,细胞分裂,信号转导,蛋白质折叠,自噬和代谢。乙酰化通过多种机制影响蛋白质功能,包括通过调节蛋白质稳定性,酶活性,亚细胞定位和与其他翻译后修饰的串扰以及通过控制蛋白质 - 蛋白质和蛋白质-DNA相互作用。在本综述中,作者讨论了目前对非组蛋白乙酰化的范围,功能多样性和机制的理解的最新进展。[2]

 图2.jpg

Figure 2 Regulation of reversible lysine acetylation.

 

3.新生儿戒断综合征

 

From Nature Reviews Disease PrimersNeonatal abstinence syndrome.

 

DOIhttps://doi.org/10.1038/s41572-018-0045-0

 

新生儿戒断综合症是指产前暴露(通过胎盘转移)停止对各种物质的症状和体征。本入门综述重点介绍妊娠期阿片类药物使用引起的新生儿戒断症状 - 新生儿阿片类药物戒断综合征(NOWS)。随着全球阿片类药物使用率的惊人增加,NOWS的发病率也在增加。由于未知原因,NOWS可以表现出不同的严重程度或根本不表现,但可能与多种因素有关,包括母体(例如,吸烟和其他物质暴露)和新生儿(孕龄,性别和遗传)。 NOWS对婴儿的护理始于解决阿片类药物使用障碍的孕妇所遇到的问题。在这些妇女中,共同发生的精神疾病,经济困难,亲密伴侣暴力,传染病和获得护理的机会有限,可能导致孕产妇和新生儿结果不佳。虽然没有就最佳NOWS管理达成共识,但非药物干预(如母乳喂养和母乳喂养)已成为优先事项,因为它们可以改善症状,而无需进一步接触阿片类药物。未经治疗的NOWS可能与婴儿早期的发病率有关,并且胎儿阿片类药物暴露的长期后果才刚刚开始被理解。[3]

 图3.jpg

Figure 3 Mechanisms and manifestations of NOWS.

 

4.癌细胞之间的合作:将博弈论应用于癌症

 

From Nature Reviews CancerCooperation among cancer cells: applying game theory to cancer.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41568-018-0083-7

 

细胞合作通过分泌可影响癌细胞或肿瘤微环境中的基质细胞的可扩散因子来促进癌症的许多标志。 这种合作不能简单地解释为细胞对肿瘤有益的集体行动,因为非合作亚克隆可以不断地侵入和搭乘合作细胞产生的可扩散因子。 充分理解肿瘤细胞之间的合作需要来自进化博弈论的方法和概念,这种方法和概念已经成功地用于生物学的其他领域以理解类似的问题,但在癌症研究中未被充分利用。 博弈论可以提供对肿瘤细胞间合作稳定性的见解,以及破坏这种合作的潜在进化证据疗法的设计。[4]

 图4.jpg

Figure 4  Cooperative interactions within the tumour and with the stroma.

 

参考文献

1.Klinge, S. and J.L. Woolford, Ribosome assembly coming into focus. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2018.

2.Narita, T., B.T. Weinert, and C. Choudhary, Functions and mechanisms of non-histone protein acetylation. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2018.

3.Coyle, M.G., et al., Neonatal abstinence syndrome. Nature Reviews Disease Primers, 2018. 4(1): p. 47.

4.Archetti, M. and K.J. Pienta, Cooperation among cancer cells: applying game theory to cancer. Nature Reviews Cancer, 2018.

 


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参考文献下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1A_JUMo-HJ0iDcfRjTztm_w 提取码:nwic 1.N6,2'-O-二甲基腺苷(m6Am)发生和功能研究 From Science,Ca...

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1.N6,2'-O-二甲基腺苷(m6Am)发生和功能研究

 

From ScienceCap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase IIassociated methyltransferase.

 

DOI: 10.1126/science.aav0080

 

N6-甲基腺苷(m6A)是mRNA的主要修饰,在RNA代谢和功能中起关键作用。 除内部m6A外,N6,2'-O-二甲基腺苷(m6Am)存在于脊椎动物的加帽mRNA的转录起始核苷酸中。 然而,它的生物发生和功能作用仍然难以捉摸。 使用反向遗传学方法,本研究鉴定了PCIF1,一种与RNA聚合酶IISer5-磷酸化C-末端结构域相互作用的因子,作为负责m6AmN6-甲基化的帽特异性腺苷甲基转移酶(CAPAM)。 CAPAM与底物复合物的晶体结构揭示了帽特异性m6A形成的分子基础。 转录组范围的分析显示m6AmN6-甲基化促进了加帽的mRNA的翻译。 因此,帽特异性m6A编写者从m6Am开始促进mRNA的翻译。[1]

 

图1.jpg

Figure 1 Comprehensive analysis of mRNA 5-terminal modification.

 

2.社交网络的可塑性降低了社会性昆虫的疾病传播

 

From ScienceSocial network plasticity decreases disease transmission in a eusocial insect.

 

DOI: 10.1126/science.aat4793

 

动物社交网络受到多种选择压力的影响,包括确保有效通信和功能同时限制疾病传播的需要。 社交动物可能通过在存在病原体的情况下改变其社交网络来进一步降低流行风险,但目前没有证据表明这种病原体引发的反应。 本研究使用自动跟踪,受控病原体暴露,透射量化和时间显式模拟的组合在蚂蚁Lasius niger中实验性地测试了该假设。 病原体暴露引起暴露的蚂蚁及其巢穴的行为变化,这有助于通过增强菌落接触网络的关键传播抑制特性来控制疾病。 这表明社交网络对病原体的可塑性是减轻社会群体疾病影响的有效策略。[2]

 

图2.jpg

Figure 2 Pathogeninduced changes in social networks.

 

3.C4草原的扩张可以解释巨型生物多样性的丧失

 

From SciencePlio-Pleistocene decline of African megaherbivores: No evidence for ancient hominin impacts.

 

DOI10.1126/science.aau2728

 

人们早就提出,前现代人类的影响推动了灭绝,并塑造了非洲异常多样化的大型哺乳动物群落的进化历史,但这一假设尚未得到严格的检验。 本研究分析了过去700万年来的东非草食动物群落 - 包括整个人类进化史 - 以检验这样一个假设,即携带工具,吃肉的人类的自上而下的影响导致了巨型动物的出现之前的消亡。研究者记录了大约460万年前开始的巨型动物的稳定,长期下降,远早于出现能够对大型哺乳动物群落进行自上而下控制的人类物种,以及人类与巨型动物猎物相互作用的证据。 C4草原的扩张可以解释巨型生物多样性的丧失。[3]

 

图3.jpg

Figure 3 Megaherbivore richness in modern and fossil communities.

 

4.体细胞突变体克隆在人类食管中的定殖研究

 

From ScienceSomatic mutant clones colonize the human esophagus with age.

 

DOI: 10.1126/science.aau3879

 

编辑:

随着人们年龄的增长,他们在健康细胞中积累了体细胞突变。正常情况下,阳光暴露的皮肤中大约25%的细胞具有癌症驱动突变。那些没有暴露在紫外线等强力诱变剂中的组织呢? Martincorena等对来自9个不同年龄的人类供体的正常食管上皮进行了靶向基因测序(参见ChanockPerspective)。食道突变率低于皮肤,但14个癌症相关基因中存在突变的克隆强烈阳性选择。到中年时,超过一半的食管上皮被突变体克隆定植。有趣的是,癌症驱动基因NOTCH1的突变在正常食管上皮中比在食道癌中更常见。

 

摘要:

正常组织中的细胞在整个生命过程中累积突变的程度尚不清楚。一些突变细胞扩展成可通过基因组测序检测的克隆。本研究将突变克隆定位于来自9个供体(年龄范围,2075岁)的正常食管上皮中。随着年龄的增长积累的体细胞突变主要由内在的突变过程引起。研究者发现在14个癌症基因中携带突变的克隆的强阳性选择,每平方厘米有数十到数百个克隆。在中年和老年供体中,具有癌症相关突变的克隆覆盖了大部分上皮细胞,NOTCH1TP53突变分别影响12%至80%和2%至37%的细胞。出乎意料的是,正常食管中NOTCH1突变的患病率是食管癌的几倍。这些发现对对癌症和衰老的理解有影响。[4]

 

图4.jpg

Figure 4 Phylogenetic and mutational patterns in normal esophagus.

 

参考文献

1.Akichika, S., et al., Cap-specific terminal <em>N</em><sup>6</sup>-methylation of RNA by an RNA polymerase II–associated methyltransferase. Science, 2018.

2.Stroeymeyt, N., et al., Social network plasticity decreases disease transmission in a eusocial insect. Science, 2018. 362(6417): p. 941-945.

3.Faith, J.T., et al., Plio-Pleistocene decline of African megaherbivores: No evidence for ancient hominin impacts. Science, 2018. 362(6417): p. 938-941.

4.Martincorena, I., et al., Somatic mutant clones colonize the human esophagus with age. Science, 2018. 362(6417): p. 911-917.

 


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参考文献下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1J7RC9MDiVfjsz98QvVzuDA 提取码:hwvo 1.文昌鱼功能基因组学及基因调控进化From Nature,Amphioxus functional ge...

参考文献下载:

链接:https://pan.baidu.com/s/1J7RC9MDiVfjsz98QvVzuDA 

提取码:hwvo 



1.文昌鱼功能基因组学及基因调控进化From Nature,Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-018-0734-6 脊椎动物极大地阐述了基本的脊索动物躯体,并进化出了两次全基因组复制的高度独特的基因组。本研究对地中海文昌鱼(Branchiostoma lanceolatum)的基因组进行测序,并在多个发育阶段和成人组织中表征DNA甲基化,染色质可及性,组蛋白修饰和转录组,以研究脊索动物基因组调节的进化。与脊椎动物的比较确定了差异甲基化增强子进化的中间阶段,以及文昌鱼和脊椎动物之间基因表达的高保守性及其顺式调节逻辑,其最早发生在胚胎早期胚胎期。研究者分析了全基因组重复后的调节进化,发现在脊椎动物中 - 超过80%的广泛表达的基因家族具有来自全基因组重复的多个旁系同源物,其成员限制了它们的祖先表达,并且经历了专门化而不是亚功能化。与直觉相反,限制其表达的旁系同源物增加了其监管环境的复杂性。这些数据为更好地理解脊椎动物关键创新的监管原则铺平了道路。[1]

图1.jpgFigure 1 Functional genome annotation of amphioxus.2.甘露糖损害肿瘤生长并增强化疗From Nature,Mannose impairs tumour growth and enhances chemotherapy. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-018-0729-3 现在已经确定肿瘤经历细胞代谢的变化。由于这可以揭示肿瘤细胞的脆弱性,并且因为许多肿瘤表现出增强的葡萄糖摄取,科研人员一直对肿瘤细胞如何对不同形式的糖产生反应感兴趣。在这里,研究者报告单糖甘露糖在体外引起几种肿瘤类型的生长迟缓,并且响应于主要形式的化学疗法而增强细胞死亡。然后,他们显示这些效果也在口服甘露糖后在小鼠体内发生,而不显著影响动物的体重和健康。从机制上讲,甘露糖被与葡萄糖相同的转运蛋白吸收,但在细胞中作为甘露糖-6-磷酸累积,这损害了糖酵解,三羧酸循环,戊糖磷酸途径和聚糖合成中葡萄糖的进一步代谢。结果,甘露糖与常规化疗联合给药影响Bcl-2家族的抗凋亡蛋白水平,导致对细胞死亡的敏感性。最后,研究表明对甘露糖的敏感性取决于磷酸甘露糖异构酶(PMI)的水平。具有低水平PMI的细胞对甘露糖敏感,而具有高水平的细胞具有抗性,但可通过RNA干扰介导的酶消耗而变得敏感。此外,研究者使用组织微阵列显示不同患者和不同肿瘤类型之间PMI水平也有很大差异,表明PMI水平可用作指导甘露糖成功给药的生物标志物。研究者认为甘露糖的给药可以是治疗癌症的简单,安全和选择性疗法,并且可以适用于多种肿瘤类型。[2]

图2.jpgFigure 2 Mannose impairs tumour growth and induces tumour regression in combination with chemotherapy.3.Helios是外毛细胞成熟的关键转录调节因子From Nature,Helios is a key transcriptional regulator of outer hair cell maturation. DOI:https://doi.org/10.1038/s41586-018-0728-4 负责听力的感觉细胞包括耳蜗内毛细胞(IHCs)和外毛细胞(OHCs),OHCs是声音灵敏度和调节所必需的。两种细胞类型都被认为是由共同的祖细胞引起的;然而,我们对控制IHC和OHCs命运的因素的理解仍然有限。在这里,研究者将Ikzf2(编码Helios)识别为小鼠中必需的转录因子,这是OHC功能成熟和听觉所必需的。 Helios在出生后小鼠OHCs中表达,并且在大提琴小鼠模型中,Ikzf2中的点突变导致早发性感觉神经性听力丧失。 Ikzf2cello / cello OHCs大大降低了prestin依赖的电动活动,这是OHC功能成熟的标志,并且显示出关键的OHC表达基因水平降低,例如Slc26a5(编码prestin)和Ocm。此外,研究显示Ikz中Ikzf2的异位表达:诱导OHC特异性基因的表达;降低经典IHC基因的表达;并且赋予IHC电流,证明Ikzf2可以部分地将IHC转录组转变为类似OHC的身份。[3] 图3.jpgFigure 3 RiboTag immunoprecipitation enriches for known OHC-expressed transcripts.4.阿尔兹海默症和正常神经元中的体细胞APP基因重组From Nature,Somatic APP gene recombination in Alzheimer’s disease and normal neurons. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-018-0718-6 人类大脑的多样性和复杂性被广泛认为是在恒定的基因组内编码的。体细胞基因重组,改变种系DNA序列,以增加分子多样性,从理论上可以改变这个代码,但据我们所知,大脑中没有记录。在这里,研究者描述了阿尔茨海默氏病相关基因APP的重组,其编码人类神经元中的淀粉样蛋白前体蛋白,以数千种变体'基因组cDNA'(gencDNAs)的形式出现。 gencDNAs缺乏内含子,范围从表达的脑特异性RNA剪接变体的全长cDNA拷贝到包含内外显子连接,插入,缺失和/或单核苷酸变异的无数较小形式。 DNA原位杂交鉴定了单个神经元内的gencDNA,其不同于野生型基因座并且不存在于非神经元细胞中。机制研究支持神经元“逆向插入”RNA以产生gencDNA;这个过程涉及转录,DNA断裂,逆转录酶活性和年龄。来自患有散发性阿尔茨海默病的个体的神经元显示出增加的gencDNA多样性,包括已知与健康神经元中不存在的家族性阿尔茨海默氏病相关的11种突变。神经元基因重组可以允许“记录”神经活动,以选择性地“回放”其表达绕过剪接的优选基因变体;这对细胞多样性,学习和记忆,可塑性以及人脑疾病都有影响。[4]

图4.jpgFigure 4  Identification of novel APP RNA variants from small populations of neurons. 参考文献 1.Marlétaz, F., et al., Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation. Nature, 2018. 2.Gonzalez, P.S., et al., Mannose impairs tumour growth and enhances chemotherapy. Nature, 2018. 3.Chessum, L., et al., Helios is a key transcriptional regulator of outer hair cell maturation. Nature, 2018. 4.Lee, M.-H., et al., Somatic APP gene recombination in Alzheimer’s disease and normal neurons. Nature, 2018.

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