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『每日资讯』高通量测序分析染色质结构对顺式调节活性的影响;胎盘sFLT1的RNAi调节用于治疗先

发表人:基因帮科研服务 发表时间:2018-11-21

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1.高通量测序分析染色质结构对顺式调节活性的影响

 

From Nature BiotechnologyA massively parallel reporter assay dissects the influence of chromatin structure on cis-regulatory activity.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/nbt.4285

 

基因在基因组中的位置可以极大地影响其表达,因为染色质的区域差异调节局部作用的顺式调节序列(CRS)的活性。本文研究CRS和区域染色质如何在全基因组范围内协同作用。研究者提出了一种大规模平行的报告基因测定,可以测量数百种不同CRS的活性,每种CRS都集成在许多特定的基因组位置。虽然基因组位置强烈影响CRS活性,但CRS的相对强度保持在所有染色体位置。 CRS的内在活性也与它们在基于质粒的测定中的活性相关。研究者用定量模型解释其数据,其中表达水平由来自局部CRS和区域染色质环境的独立贡献设定,而不是通过这两个因子之间更复杂的序列或蛋白质特异性相互作用来设定。本研究提出的方法将帮助研究人员确定何时以模块化方式整合监管信息,以及何时监管序列以更复杂的方式相互作用。[1]

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Figure 1 patchMPRA experimental design.

 

2.胎盘sFLT1RNAi调节用于治疗先兆子痫

 

From Nature BiotechnologyRNAi modulation of placental sFLT1 for the treatment of preeclampsia.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/nbt.4297

 

先兆子痫是一种胎盘诱导的妊娠期高血压疾病,与母亲和胎儿的大量发病率和死亡率相关。早产儿先兆子痫的临床表现是由胎盘来源的过量循环可溶性血管内皮生长因子受体FLT1sFLT1sVEGFR1)引起的。在这里,研究者确定短干扰RNAsiRNAs),选择性沉默三个sFLT1 mRNA同种型主要负责胎盘过度表达sFLT1而不降低全长FLT1 mRNA的水平。在疏水性修饰的情况下完全化学稳定化使得胎盘中的有效siRNA积累(注射剂量的高达7%)和怀孕小鼠中的循环sFLT1减少(高达50%)。在狒狒先兆子痫模型中,单剂量的siRNA抑制sFLT1过度表达和先兆子痫的临床症状。本研究结果表明,在非人类灵长类动物中,非特异性siRNAs可以对基因表达进行基于RNAi的肝外调节,并为早产儿先兆子痫患者建立新的治疗范式。[2]

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Figure 2 Full chemical stabilization of cholesterol-conjugated hsiRNAs enables systemic delivery to placental labyrinth.

 

3.TCR指纹表征控制肽-MHC复合物识别的相互作用

 

From Nature BiotechnologyT cell receptor fingerprinting enables in-depth characterization of the interactions governing recognition of peptideMHC complexes.

 

DOIhttps://doi.org/10.1038/nbt.4303

 

T细胞受体(TCRs)的混杂性使得T细胞能够识别多种病原体,但却难以理解和控制T细胞识别。现有技术提供有关T细胞识别关键要求的有限信息以及TCR交叉识别结构相关元素的能力。本研究提出了一个“一锅”策略,用于确定控制肽 - 主要组织相容性复合物(pMHC)的TCR识别的相互作用。研究者测量了TCR对条形码肽-MHC变体文库的相对亲和力,并应用该知识来理解识别基序,这里称为TCR指纹。鉴定了16种不同TCRTCR指纹,并用于预测和验证来自人蛋白质组的交叉识别的肽。在识别相同表位的TCR之间鉴定的指纹不同,证明了该策略在理解T细胞相互作用和评估潜在交叉识别之前用于临床开发的TCR的价值。[3]

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Figure 3 Using DNA barcode-labeled MHC multimers to generate TCR fingerprints.

 

4.单个神经元的细胞类型特异性和投射特异性全脑重建

 

From Nature MethodsCell-type-specific and projection-specific brain-wide reconstruction of single neurons.

 

DOI: https://doi.org/10.1038/s41592-018-0184-y

 

本文开发了一种双腺相关病毒表达系统,可以对细胞类型和投射特异性的单个神经元进行强大而稀疏的标记。 研究者证明了其用于中脑多巴胺神经元和纹状体突出的皮质神经元的全脑重建的效用。 研究者进一步扩展了标记方法,用于清除厚脑切片的快速重建和同时双色标记。 该标记系统可以促进产生哺乳动物脑的中尺度单神经元投射组的过程。[4]

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Figure 4 A dual-AAV sparse labeling system for tunable labeling of genetically defined neurons and whole-brain single-neuron reconstruction.

 

参考文献

1.Maricque, B.B., H.G. Chaudhari, and B.A. Cohen, A massively parallel reporter assay dissects the influence of chromatin structure on cis-regulatory activity. Nature Biotechnology, 2018.

2.Turanov, A.A., et al., RNAi modulation of placental sFLT1 for the treatment of preeclampsia. Nature Biotechnology, 2018.

3.Bentzen, A.K., et al., T cell receptor fingerprinting enables in-depth characterization of the interactions governing recognition of peptide–MHC complexes. Nature Biotechnology, 2018.

4.Lin, R., et al., Cell-type-specific and projection-specific brain-wide reconstruction of single neurons. Nature Methods, 2018.

 


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